#bruggeman1

FIX: AZgln AZglu KG NADP NADPH NH PPi UMP UTP

#reactions
v_1:
 {1.0}PII + {1.0}UTP = {1.0}PIIUMP + {1.0}PPi
  (kcatut*UT*UTP*PII)/(Kutipii*Kututp*(1 + GLN/Kglnut)*(1 + UTP/Kututp + (PII + PIIUMP + PIIUMP2)/Kutipii + (UTP*(PII + PIIUMP + PIIUMP2))/(Kutipii*Kututp) + (PPi*UTP*(PII + PIIUMP + PIIUMP2))/(Kutipii*Kutippi*Kututp) + (Kutpii*(PIIUMP + PIIUMP2 + PIIUMP3))/(Kutipii*Kutpiiump)))
v_10:
 {1.0}GLN + {1.0}NADPH + {1.0}KG = {2.0}GLU + {1.0}NADP
  (KG*NADPH*Vgog*GLN)/(Kgoggln*Kgogkg*Kgognadph*(1 + NADP/Kgognadp + NADPH/Kgognadph)*(1 + AZGLU/Kgogaz)*(1 + KG/Kgogkg + GLU/Kgogglu)*(1 + GLN/Kgoggln + GLU/Kgogglu))
v_11:
 {1.0}GLU + {1.0}ATP + {1.0}NH = {1.0}GLN + {1.0}ADP
  (aamp*camp*Vgs*(-((PI*ADP*GLN)/Keq) + NH*ATP*GLU))/(Kgsatp*Kgsglu*Kgsnh*(1 + PI/Kgspi + ADP/Kgsadp + (PI*ADP)/(Kgsadp*Kgspi) + ATP/Kgsatp)*(1 + NH/Kgsnh + GLN/Kgsgln + (NH*GLN)/(Kgsgln*Kgsnh) + GLU/Kgsglu + (NH*GLU)/(Kgsglu*Kgsnh))*(1 + 12**n1amp*(GSAMP/(bamp*GStot))**n1amp)*(1 + 12**n2amp*(GSAMP/(damp*GStot))**n2amp))
v_12:
 {1.0}GLU = {1.0}AZGLU
  (Vgludem*(-(AZGLU/Kgludemeq) + GLU))/(Kgludemglu*(1 + AZGLU/Kgludemazglu + GLU/Kgludemglu))
v_13:
 {1.0}AZGLU = {1.0}AZglu
  (Vazgludem*(-(azinter/Kazgludemeq) + AZGLU))/(Kazgludemazglu*(1 + azinter/Kazgludemazinter + AZGLU/Kazgludemazglu))
v_14:
 {1.0}GLN = {1.0}AZGLN
  (Vglndem*(-(AZGLN/Kglndemeq) + GLN))/(Kglndemgln*(1 + AZGLN/Kglndemazgln + GLN/Kglndemgln))
v_15:
 {1.0}AZGLN = {1.0}AZgln
  (Vazglndem*(-(azinter/Kazglndemeq) + AZGLN))/(Kazglndemazgln*(1 + azinter/Kazglndemazinter + AZGLN/Kazglndemazgln))
v_16:
 {1.0}ADP = {1.0}ATP
  (Vadp*ADP)/(Kadp + ADP)
v_2:
 {1.0}PIIUMP = {1.0}PII + {1.0}UMP
  (kcatur*UR*PIIUMP)/(Kurpiiump*(1 + Kglnur/GLN)*(1 + ((1 + UMP/Kurump)*(PIIUMP + PIIUMP2 + PIIUMP3))/Kurpiiump))
v_3:
 {1.0}PIIUMP + {1.0}UTP = {1.0}PIIUMP2 + {1.0}PPi
  (kcatut*UT*UTP*PIIUMP)/(Kutipii*Kututp*(1 + GLN/Kglnut)*(1 + UTP/Kututp + (PII + PIIUMP + PIIUMP2)/Kutipii + (UTP*(PII + PIIUMP + PIIUMP2))/(Kutipii*Kututp) + (PPi*UTP*(PII + PIIUMP + PIIUMP2))/(Kutipii*Kutippi*Kututp) + (Kutpii*(PIIUMP + PIIUMP2 + PIIUMP3))/(Kutipii*Kutpiiump)))
v_4:
 {1.0}PIIUMP2 = {1.0}PIIUMP + {1.0}UMP
  (kcatur*UR*PIIUMP2)/(Kurpiiump*(1 + Kglnur/GLN)*(1 + ((1 + UMP/Kurump)*(PIIUMP + PIIUMP2 + PIIUMP3))/Kurpiiump))
v_5:
 {1.0}PIIUMP2 + {1.0}UTP = {1.0}PIIUMP3 + {1.0}PPi
  (kcatut*UT*UTP*PIIUMP2)/(Kutipii*Kututp*(1 + GLN/Kglnut)*(1 + UTP/Kututp + (PII + PIIUMP + PIIUMP2)/Kutipii + (UTP*(PII + PIIUMP + PIIUMP2))/(Kutipii*Kututp) + (PPi*UTP*(PII + PIIUMP + PIIUMP2))/(Kutipii*Kutippi*Kututp) + (Kutpii*(PIIUMP + PIIUMP2 + PIIUMP3))/(Kutipii*Kutpiiump)))
v_6:
 {1.0}PIIUMP3 = {1.0}PIIUMP2 + {1.0}UMP
  (kcatur*UR*PIIUMP3)/(Kurpiiump*(1 + Kglnur/GLN)*(1 + ((1 + UMP/Kurump)*(PIIUMP + PIIUMP2 + PIIUMP3))/Kurpiiump))
v_7:
 {1.0}GS = {1.0}GSAMP
  (Vad*GS*((b1*GLN)/Kadgln + (3*a1*KG*PII)/(Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*c1*KG*GLN*PII)/(Kadgln*Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3)))))/((Kadgs + GS)*(1 + GLN/Kadgln + (3*KG*PII)/(Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*KG*GLN*PII)/(d1*Kadgln*Kadpiikg*Kd1*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3)))))
v_8:
 {1.0}GSAMP = {1.0}GS
  (Vdead*GSAMP*((f1*GLN)/Kdeadgln + (3*e1*KG*PII)/(Kd1*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*h1*KG*GLN*PII)/(Kd1*Kdeadgln*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (g1*KG**3*PIIUMP3)/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (j1*KG**3*GLN*PIIUMP3)/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (3*i1*KG**4*PII*PIIUMP3)/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (3*k1*KG**4*GLN*PII*PIIUMP3)/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump)))))/((Kdeadgsa + GSAMP)*(1 + GLN/Kdeadgln + (3*KG*PII)/(Kd1*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))) + (3*KG*GLN*PII)/(Kd1*Kdeadgln*Kdeadpiikg*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))*l1) + (KG**3*PIIUMP3)/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))) + (KG**3*GLN*PIIUMP3)/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))*n1) + (3*KG**4*PII*PIIUMP3)/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))*m1) + (3*KG**4*GLN*PII*PIIUMP3)/(Kd1*Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump*Kdeadgln*Kdeadpiikg*Kdeadpiiu*(1 + (3*KG)/Kd1 + (3*KG**2)/(Kd1*Kd2) + KG**3/(Kd1*Kd2*Kd3))*(1 + (3*KG)/Kd1piiump + (3*KG**2)/(Kd1piiump*Kd2piiump) + KG**3/(Kd1piiump*Kd2piiump*Kd3piiump))*o1)))
v_9:
 {1.0}NH + {1.0}KG + {1.0}NADPH = {1.0}GLU + {1.0}NADP
  (Vgdh*(KG*NADPH*NH - (NADP*GLU)/Keqgdh))/(Kgdhkg*Kgdhnadph*Kgdhnh*(1 + NADP/Kgdhnadp + NADPH/Kgdhnadph)*(1 + NH/Kgdhnh)*(1 + KG/Kgdhkg + GLU/Kgdhglu))


#parameters
ATPtot = 5.37
GStot = 0.014
Kadgln = 0.9714
Kadgs = 0.001703
Kadp = 0.5
Kadpiikg = 1.052e-05
Kazglndemazgln = 1.0
Kazglndemazinter = 0.5
Kazglndemeq = 10000000000.0
Kazgludemazglu = 0.3
Kazgludemazinter = 0.5
Kazgludemeq = 10000000000.0
Kd1 = 0.005
Kd1piiump = 0.025
Kd2 = 0.15
Kd2piiump = 0.15
Kd3 = 0.15
Kd3piiump = 0.15
Kdeadgln = 0.04444
Kdeadgsa = 0.0002015
Kdeadpiikg = 2.274e-06
Kdeadpiiu = 1.805e-05
Keq = 460.0
Keqgdh = 1290.0
Kgdhazglu = 2.5
Kgdhglu = 10.0
Kgdhkg = 0.32
Kgdhnadp = 0.042
Kgdhnadph = 0.04
Kgdhnh = 1.1
Kglndemazgln = 0.25
Kglndemeq = 10000000000.0
Kglndemgln = 2.0
Kglnur = 0.07
Kglnut = 0.07
Kgludemazglu = 0.5
Kgludemeq = 10000000000.0
Kgludemglu = 8.0
Kgogaz = 0.65
Kgoggln = 0.175
Kgogglu = 11.0
Kgogkg = 0.007
Kgognadp = 0.0037
Kgognadph = 0.0015
Kgsadp = 0.0585
Kgsatp = 0.35
Kgseq = 460.0
Kgsgln = 5.65
Kgsglu = 4.1
Kgsnh = 0.1
Kgspi = 3.7
Kurpiiump = 0.0023
Kurump = 8.4
Kutipii = 0.0018
Kutippi = 0.1135
Kutpii = 0.003
Kutpiiump = 0.0035
Kututp = 0.04
PI = 10.0
PIItot = 0.003
UR = 0.0006
UT = 0.0006
Vad = 0.5
Vadp = 100.0
Vazglndem = 20.0
Vazgludem = 30.0
Vdead = 0.5
Vgdh = 360.0
Vglndem = 70.0
Vgludem = 120.0
Vgog = 85.0
Vgs = 600.0
a1 = 1e-22
aamp = 10.0
azinter = 0.1
b1 = 0.5166
bamp = 2.3667
c1 = 0.5974
camp = 0.1012
d1 = 0.0387
damp = 10.8688
e1 = 1e-22
f1 = 2.766
g1 = 3.323
h1 = 0.2148
i1 = 1e-22
j1 = 1e-22
k1 = 1e-22
kcatur = 5.5
kcatut = 137.0
l1 = 0.02316
m1 = 0.8821
n1 = 8.491
n1amp = 1.1456
n2amp = 19.2166
o1 = 0.8791
AZgln = 1.0
AZglu = 1.0
KG = 0.2
NADP = 0.05
NADPH = 0.15
NH = 0.05
PPi = 0.05
UMP = 0.01
UTP = 0.5
default_compartment = 1.0


#initial values
ADP = 2.685
ATP = 2.685
AZGLN = 1.0
AZGLU = 1.0
GLN = 1.0
GLU = 1.0
GS = 0.014
GSAMP = 0.0
PII = 0.003
PIIUMP = 0.0
PIIUMP2 = 0.0
PIIUMP3 = 0.0


#assignment rules