$\mathrm{kbasal}\mathrm{vA}A\mathrm{kA}\mapsto \mathrm{kbasal}+\frac{\mathrm{vA}A}{A+\mathrm{kA}}$ $\mathrm{k1}\mathrm{k2}\mathrm{Modifier}\mathrm{k3}\mathrm{Modifier2}\mathrm{Modifier3}\mathrm{k4}\mapsto \mathrm{k1}+\mathrm{k2}\mathrm{Modifier}+\mathrm{k3}\mathrm{Modifier2}+\mathrm{k4}\mathrm{Modifier3}$ $\mathrm{substrate}\mathrm{Km}V\mapsto \frac{V\mathrm{substrate}}{\mathrm{Km}+\mathrm{substrate}}$ $\mathrm{substrate}\mathrm{Activator}\mathrm{Kms}V\mathrm{Ka}\mapsto \frac{V\mathrm{substrate}\mathrm{Activator}}{(\mathrm{Kms}+\mathrm{substrate})(\mathrm{Ka}+\mathrm{Activator})}$ $\mathrm{IkBa\_p65\_phosphorylation\_kcat}\mathrm{s15}$ $\mathrm{c1}\mathrm{MSK1\_P}$ $\mathrm{p65\_P\_dephosphorylation\_k}\times 1$ $\mathrm{k\_MSK\_P}\mathrm{unscaled\_MSK\_P}$ $\mathrm{p65\_nuclear\_import\_k}\times 0.02$ $\mathrm{p65\_MSK1\_phosphrylation\_kcat}\times 1$ $\mathrm{default}\mathrm{p38\_P}$ $\mathrm{p65\_MSK1\_phosphorylation\_kM}\times 1$ $\mathrm{JNK\_active\_phosphorylation\_kcat}\mathrm{TNFa\_TNFR1\_EL}$ $\mathrm{k\_p65}\mathrm{unscaled\_p65}$ $\mathrm{IkBa\_nuclear\_import\_k}\times 0.5$ $\mathrm{k\_IkBa\_mRNA}\mathrm{unscaled\_IkBa\_mRNA}$ $\mathrm{default}\mathrm{JNK\_P}$ $\mathrm{k\_JNK\_P}\mathrm{unscaled\_JNK\_P}$ $\mathrm{k\_IkBa}\mathrm{unscaled\_IkBa}$ $\mathrm{IkBa\_p65\_association\_k}\times 0.003$ $\mathrm{s5}\mathrm{default}$ $\mathrm{c1}\mathrm{s8}+\mathrm{default}\mathrm{s3}$ $\mathrm{IkBa\_p65\_phosphorylation\_kcat}$ $\mathrm{IkBa\_phosphorylation\_kcat}\mathrm{s15}$ $\mathrm{k\_p65\_P}\mathrm{unscaled\_p65\_P}$ $\mathrm{k\_IkBa\_P}\mathrm{unscaled\_IkBa\_P}$ $(\mathrm{s11}+\mathrm{p65\_IkBa\_nucleus})\mathrm{c1}+(\mathrm{s5}+\mathrm{s19}+\mathrm{IkBa\_cytoplasm})\mathrm{default}$ $\mathrm{k\_TNFa\_TNFR1\_association}\times 1.9E-5$ $\mathrm{IkBa\_mRNA\_cytoplasm}\mathrm{default}+\mathrm{c1}\mathrm{IkBa\_mRNA\_nucleus}$ $(\mathrm{s3}+\mathrm{s19}+\mathrm{p65\_cytoplasm})\mathrm{default}+\mathrm{c1}(\mathrm{s8}+\mathrm{p65\_IkBa\_nucleus}+\mathrm{p65\_nucleus}+\mathrm{p65\_2P})$ $\mathrm{k\_p38\_P}\mathrm{unscaled\_p38\_P}$ $\mathrm{p38\_active\_phosphorylation\_kcat}\mathrm{TNFa\_TNFR1\_EL}$ $\mathrm{p65\_P\_MSK1\_phosphrylation\_kcat}\mathrm{MSK1\_P}$ $\mathrm{MSK1\_phosphorylation\_kcat}\mathrm{p38\_P}$ $\mathrm{p65\_MSK1\_phosphrylation\_kcat}\mathrm{MSK1\_P}$ $\mathrm{default}(\mathrm{IkBa\_p65\_association\_k}\mathrm{IkBa\_cytoplasm}\mathrm{p65\_cytoplasm}-\mathrm{IkBa\_p65\_dissociation\_k}\mathrm{s19})$ $\mathrm{default}\mathrm{IkBa\_deg\_complex\_cyt\_k}\mathrm{s19}$ $\mathrm{c1}\mathrm{IkBa\_deg\_complex\_nuc\_k}\mathrm{p65\_IkBa\_nucleus}$ $\mathrm{default}\mathrm{p65\_degradation\_k}\mathrm{s19}$ $\mathrm{c1}\mathrm{p65\_degradation\_k}\mathrm{p65\_IkBa\_nucleus}$ $\mathrm{IkBa\_p65\_nuclear\_export\_k}\mathrm{p65\_IkBa\_nucleus}-\mathrm{IkBa\_p65\_nuclear\_import\_k}\mathrm{s19}$ $\mathrm{default}\mathrm{Catalytic\_activation\_\_irrev}(\mathrm{s14}, \mathrm{TNFa\_TNFR1\_EL}, \mathrm{IKKb\_active\_phosphorylation\_kM}, \mathrm{IKKb\_active\_phosphorylation\_vmax}, \mathrm{IKKb\_active\_phosphorylation\_kA})$ $\mathrm{default}\mathrm{IkBa\_deg\_cyt\_k}\mathrm{IkBa\_cytoplasm}$ $\mathrm{c1}\mathrm{IkBa\_deg\_nuc\_k}\mathrm{s11}$ $\mathrm{default}\mathrm{IkBa\_mRNA\_deg\_cyt\_k}\mathrm{IkBa\_mRNA\_cytoplasm}$ $\mathrm{c1}\mathrm{IkBa\_mRNA\_deg\_nuc\_k}\mathrm{IkBa\_mRNA\_nucleus}$ $\mathrm{IkBa\_mRNA\_transport\_k}\mathrm{IkBa\_mRNA\_nucleus}$ $\mathrm{IkBa\_nuclear\_import\_k}\mathrm{IkBa\_cytoplasm}-\mathrm{IkBa\_nuclear\_export\_k}\mathrm{s11}$ $\mathrm{default}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{IkBa\_cytoplasm}, \mathrm{IkBa\_phosphorylation\_kM}, \mathrm{IkBa\_phosphorylation\_vmax})$ $\mathrm{c1}\mathrm{IkBa\_transcription\_elongation\_kbasal}\mathrm{IkBa\_pre\_mRNA\_1}$ $\mathrm{c1}\mathrm{IkBa\_transcription\_elongation\_kbasal}\mathrm{IkBa\_pre\_mRNA\_2}$ $\mathrm{default}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{IkBa\_mRNA\_cytoplasm}, \mathrm{IkBa\_translation\_Km}, \mathrm{IkBa\_translation\_vmax})$ $\mathrm{default}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{JNK}, \mathrm{JNK\_active\_phoshorylation\_Km}, \mathrm{JNK\_active\_phosphorylation\_vmax})$ $\mathrm{default}\mathrm{JNK\_basal\_phosphorylation\_k}\mathrm{JNK}$ $\mathrm{default}\mathrm{JNK\_dephosphorylation\_k}\mathrm{JNK\_P}$ $\mathrm{EL}\mathrm{LPS\_LSEC\_degradation\_k}\mathrm{LPS}$ $\mathrm{EL}\mathrm{LPS\_MC\_degradation\_k}\mathrm{LPS}$ $\mathrm{c1}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{MSK1}, \mathrm{MSK1\_activation\_kM}, \mathrm{MSK1\_activation\_vmax})$ $\mathrm{c1}\mathrm{MSK1\_dephosphorylation\_k}\mathrm{MSK1\_P}$ $\mathrm{k\_TNFR1\_vessicle2outer\_membrane\_shuttle}\mathrm{TNFR1\_cytoplasm}-\mathrm{k\_TNFR1\_outer\_membrane2vessicle\_shuttle}\mathrm{TNFR1\_EL}$ $\mathrm{LSEC}\mathrm{TNFa\_LSEC\_transcription\_elongation\_k}\mathrm{TNFa\_pre\_mRNA\_LSEC}$ $\mathrm{LSEC}\mathrm{TNFa\_transcription\_initiation}(\mathrm{TNFa\_LSEC\_transcription\_initiation\_kbasal}, \mathrm{TNFa\_LSEC\_transcription\_initiation\_vA\_LPS}, \mathrm{LPS}, \mathrm{TNFa\_LSEC\_transcription\_initiation\_kA\_LPS})$ $\mathrm{TNFa\_LSEC\_translation\_k}\mathrm{TNFa\_mRNA\_LSEC}$ $\mathrm{MC}\mathrm{TNFa\_MC\_transcription\_elongation\_k}\mathrm{TNFa\_pre\_mRNA\_MC}$ $\mathrm{MC}\mathrm{TNFa\_transcription\_initiation}(\mathrm{TNFa\_MC\_transcription\_initiation\_kbasal}, \mathrm{TNFa\_MC\_transcription\_initiation\_vA\_LPS}, \mathrm{LPS}, \mathrm{TNFa\_MC\_transcription\_initiation\_kA\_LPS})$ $\mathrm{TNFa\_MC\_translation\_k}\mathrm{TNFa\_mRNA\_MC}$ $\mathrm{EL}(\mathrm{k\_TNFa\_TNFR1\_association}\mathrm{TNFR1\_EL}\mathrm{s16}-\mathrm{k\_TNFa\_TNFR1\_dissociation}\mathrm{TNFa\_TNFR1\_EL})$ $\mathrm{k\_TNFa\_TNFR1\_internalisation}\mathrm{TNFa\_TNFR1\_EL}$ $\mathrm{EL}\mathrm{TNFa\_degradation\_k}\mathrm{s16}$ $\mathrm{default}\mathrm{k\_TNFa\_internal\_degradation}\mathrm{TNFa\_TNFR1\_cytoplasm}$ $\mathrm{LSEC}\mathrm{TNFa\_mRNA\_LSEC\_degradation\_k}\mathrm{TNFa\_mRNA\_LSEC}$ $\mathrm{MC}\mathrm{TNFa\_mRNA\_MC\_degradation\_k}\mathrm{TNFa\_mRNA\_MC}$ $\mathrm{default}\mathrm{IKKb\_basal\_phosphoylation\_k}\mathrm{s14}$ $\mathrm{default}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{p38}, \mathrm{p38\_active\_phoshorylation\_Km}, \mathrm{p38\_active\_phosphorylation\_vmax})$ $\mathrm{default}\mathrm{p38\_basal\_phosphorylation\_k}\mathrm{p38}$ $\mathrm{default}\mathrm{p38\_dephosphorylation\_k}\mathrm{p38\_P}$ $\mathrm{c1}\mathrm{p65\_degradation\_k}\mathrm{p65\_2P}$ $\mathrm{c1}\mathrm{p65\_2P\_dephosphorylation}\mathrm{p65\_2P}$ $\mathrm{default}\mathrm{p65\_degradation\_k}\mathrm{s3}$ $\mathrm{c1}\mathrm{p65\_degradation\_k}\mathrm{s8}$ $\mathrm{c1}\mathrm{p65\_P\_dephosphorylation\_k}\mathrm{s8}$ $\mathrm{default}\mathrm{p65\_P\_dephosphorylation\_k}\mathrm{s3}$ $\mathrm{c1}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{s8}, \mathrm{p65\_P\_MSK1\_phosphrylation\_kM}, \mathrm{p65\_P\_MSK1\_phosphrylation\_vmax})$ $\mathrm{p65\_nuclear\_import\_k}\mathrm{p65\_cytoplasm}-\mathrm{p65\_nuclear\_export\_k}\mathrm{p65\_nucleus}$ $\mathrm{c1}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{p65\_nucleus}, \mathrm{p65\_MSK1\_phosphorylation\_kM}, \mathrm{p65\_MSK1\_phosphrylation\_vmax})$ $\mathrm{default}\mathrm{p65\_translation\_k}\mathrm{p65\_mRNA}$ $\mathrm{c1}\mathrm{activated\_Transcription\_\_1}(\mathrm{IkBa\_transcription\_initiation\_kbasal}, \mathrm{IkBa\_transcription\_kA2\_p65\_P}, \mathrm{s8}, \mathrm{IkBa\_transcription\_kA\_p65}, \mathrm{p65\_nucleus}, \mathrm{p65\_2P}, \mathrm{IkBa\_transcription\_kA3\_p65\_2P})$ $\mathrm{default}\mathrm{IkBa\_p\_active\_degradation\_k}\mathrm{s5}$ $\mathrm{default}\mathrm{Henri\_Michaelis\_Menten\_\_irreversible}(\mathrm{s19}, \mathrm{IkBa\_p65\_phosphorylation\_kM}, \mathrm{IkBa\_p65\_phosphorylation\_vmax})$ $\mathrm{default}\mathrm{IKKb\_dephopshorylation\_k}\mathrm{s15}$ $\mathrm{c1}(\mathrm{IkBa\_p65\_association\_k}\mathrm{p65\_nucleus}\mathrm{s11}-\mathrm{IkBa\_p65\_dissociation\_k}\mathrm{p65\_IkBa\_nucleus})$ $\mathrm{p65\_nuclear\_import\_k}\mathrm{s3}-\mathrm{p65\_nuclear\_export\_k}\mathrm{s8}$